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एक अप्रत्याशित प्रहार से तिलमिलाए एक मुक्केबाज़ की तरह, जो फिर नए क्रोध के साथ अपने दुश्मन पर हमला करता है, आर्टाफर्नेस ने इफिसुस में विद्रोह के लिए अपना पहला जवाबी हमला किया.
फ़ारसियों को पूरी उम्मीद थी कि ये विद्रोह उसी समय खत्म हो जाएगा जब विद्रोहियों को दमन का पहला संकेत दिखेगा- फिर भी यूनानियों ने संघर्ष करना जारी रखा.
आर्टाफर्नेस को मालूम था कि क्या करना सही रहेगा. उन्होंने अरिस्टागोरस के गृह शहर और विद्रोह के केंद्र मिलिटस के ख़िलाफ़ पूरी ताकत के साथ पारसी सेना को झोंकने का आदेश दिया.
ये कोई छोटा काम नहीं था: मिलिटस एक शक्तिशाली महानगर था जो अपने धन-दौलत के लिए मशहूर था. उसने अपने व्यस्त बंदरगाह के ज़रिए काला सागर की तटों पर दर्जनों उपनिवेश खड़े किए थे.
अब उस बंदरगाह पर समूची इओनियाई नौसेना मौजूद थी पूरे आयोनियन नौसेना की मेजबानी की, इसके ट्राइरेम पर जाबांज़ यूनानी मरीन भरी हुई थी.
ये एक अपराजेय लक्ष्य था. हालांकि, आर्टाफर्नेस पिछली लड़ाइयों से मिले सबक से पूरी तरह सचेत था. उसे पता था कि अगर एक भी गलती हुई, तो यूनानी गठजोड़ की समूची सेना बिखर जाएगी.
आर्टाफर्नेस को जल्द ही वो कमज़ोर कड़ी मिल गई. जोशीले एडमिरल डायोनिसियस के आदेश पर अंतहीन अभ्यास की थकान से चूर, यूनानी नाविक विद्रोह शुरू ही करने वाले थे.
आर्टाफर्नेस को मिलिटस के खेमे की कमज़ोर कड़ी मिल गई. अब उसने उस हिस्से पर वार करके पूरे खेमे को दो हिस्सों में खोलने की तैयारी कर ली.