Malaylar Malay Takımadası, bugün Endonezya, Filipinler, Brunei, Doğu Timor, Malezya ve Singapur'da 25.000'den fazla adadan oluşan dünyanın en büyük takımadasıdır. Bu kadar çok adaya seyahat edip kolonileştirmek için adalılar M.Ö. 50.000'den başlayarak ileri seviyede yön bulma ve tekne inşaat etme becerileri geliştirdiler. M.S. ilk milenyumdan itibaren Hindistan ve Çin arasındaki kazançlı bir ticaret pozisyonu sayesinde birden fazla liman şehri, küçük krallıklara dönüştü. Hindistan ile bu etkileşimin sonucu olarak bu ilk devletler Hinduizm ve Budizm'in birçok ilkesini benimsedi. Orta Çağda bazı liman şehirleri takımadanın büyük parçalarını fethetmeyi başardı. Talassokrasi de denilen üç deniz imparatorluğu özellikle güçlüydü: Takımadaya hükmeden ilk devletlerden biri Güney Sumatra'daki Srivijaya'ydı (671-1377). Çin ile ticaretlerini emniyete almak için Srivijaya mihraceleri Sumatra, Malezya yarımadası ve Java'daki bazı krallıkları fethetti. Deniz seferleri, ana kara Güneydoğu Asya'daki Mekong nehrine bile girdi ama güçlü Kmer İmparatorluğu'nun doğuşu uzun süreli bir varlığın önüne geçti. Budizm ve eğitimin uluslararası bir merkezi olan Palembang başkenti, Asya'nın her yerinden hacıları ve âlimleri kendine çekiyordu. Mihraceler kendilerine çok fazla tapınak yaptırmamış olsa da Java'daki derebeyleri Borobudur ve Sewu gibi dünyadaki en büyük Budist anıtlarından bazılarını inşa ettiler. Bu ekonomik ve kültürel başarılara rağmen Srivijaya imparatorluğu on birinci yüzyılda Hindistan baskınları ve Java fetihlerinin baskısı altında yavaş yavaş parçalandı. Srivijaya'dan sonra Java krallıkları yükseldi. Bunlardan biri olan Majapahit İmparatorluğu (1293-1527) sonunda Güneydoğu Asya'daki en güçlü devletlerden biri oldu. 1293'te Raden Wijaya rakibini tahttan indirmek için istilacı Moğol ordularıyla birleşerek imparatorluğu kurdu ve sonra da sürpriz bir saldırıyla Moğolları yendi. İki imparatorluğun baş nazırı Gajah Mada'nın (1313-1364) askeri liderliği altında Majapahit en büyük boyutuna ulaştı: batıdaki Malezya yarımadasından doğudaki Yeni Gine'ye kadar. Bu altın çağ boyunca sanat, edebiyat ve mimari zenginleşti. Kukla tiyatroları ve orkestralar oluşturuldu. Şiva'ya tapınma ve Tantra Budizmi'nin birleşimiyle gerçek bir Java kültürü doğdu. On beşinci yüzyılda iç savaş ve Malakka adında yeni bir ticaret gücünün doğması Majapahit'in düşüşüne yol açtı. 1398'de Majapahitler, Malezya yarımadasındaki küçük bir krallık olan Singapur'u istila etti. Kralları Parameswara ülkeden kaçtı ve Malakka şehrini kurdu. Şehir, Çinli Ming hanedanıyla iyi ilişkileri sayesinde tüccarları kendine çekti ve gitgide Hindiçin ticaret yolu üzerindeki en büyük limanlardan biri haline geldi. Kral Paramesware hükümdarlığının sonunda Malakka Sultanlığı'nı (1414-1511) kurarak İslamiyet'e geçti. Güneydoğu Asya, tüccarlar aracılığıyla önceki bir tarihte İslamiyet ile temasa geçmiş olsa da Müslüman toplulukları sınırlı kalmıştı. Sultanlığın topraklarının genişlemesiyle Malakka İslamiyet'in yayıldığı önemli bir merkez haline geldi. Ardından başlangıçta Hinduizm ve Budizm'den etkilenen Malay kültürü, yeni İslam inancından etkilenen köklü değişikliklere girdi. Takımadanın zengin ticaret imkânlarının cazibesine kapılan Avrupalı gezginler Orta Çağın sonlarında Güneydoğu Asya'ya geldiler. 1511'de Afonso de Albuquerque emrinde bir Portekiz ordusu Malakka limanını fethederek Sultanlığın sonunu getirdi. Sonraki birkaç yüzyıl boyunca Avrupalı devletler takımadadaki ticarete hükmedecekti.