Malililer Orta Çağ boyunca, Sahra'dan geçen işlek tuz ve altın ticaretinin bir sonucu olarak Batı Afrika'da birçok şehir devleti ve krallıklar ortaya çıktı. Dünyanın bu kısmındaki ticareti yönetmek için süren aralıksız mücadele, parçalanan krallıkları fethedip bir devlet altında birleştirebilen büyük imparatorlukların yükselişi ve düşüşüyle yakından ilgiliydi. M.S. 4. ve 11. yüzyıllarda, ilk defa Soninke halkı altın ticaretini tekelleştirip hâkimiyetlerini büyük bir alana yaydı. En geniş boyutlarında, Gana İmparatorluğu bugünkü batı Mali ve güneydoğu Moritanya'yı içine aldı. Ancak 11. yüzyılın sonuna doğru Berberi Murabıt İmparatorluğu, altın ticaretinin kontrolünü ele geçirdi. Bunun Emir Ebu Bekir Bin Ömer önderliğindeki bir işgalle gerçekleştirilip gerçekleştirilmediği hala kesin değildir. Her durumda da, büyük bir kaynak kaybı, aşırı otlatma ve dönemsel kuraklık ile birleştiğinde, Gana İmparatorluğu'nun dağılmasına sebep oldu. M.S. 1203'te Gana'nın önceki derebeyleri olan Sosso halkı, başkent Kumbi'yi fethetti. Bunu takip eden yıllarda, Sosso halkı askeri seferlerini sürdürdü. Söylenenlere göre, kral Sumanguru Kante birkaç küçük Mandinka klanını fethetti. Fakat sürülmüş bir prens olan Sundjata, farklı krallıkları bir araya getirdi, bir ayaklanma çıkarttı ve sonunda M.S. 1235'te Kirina savaşında Sosso ordusunu yenilgiye uğrattı. Beş yıl sonra Sundjata Gana'yı, onun önemli altın madenlerini ve ticaret yollarını topraklarına kattı ve böylece Mali İmparatorluğu'nu kurdu. Birbirleri ardından gelen Mansalar (krallar) önderliğindeki sonraki genişlemeler imparatorluğun sınırlarını doğuda Gao'ya batıda Atlantik Okyanusu'na kadar uzattı. Özellikle özgürleştirilmiş bir köle olan Mansa Sakura (M.S. 1285-1300) önderliğinde, bölgesel fetih büyük ölçüdeydi. Bu geniş bölgeyi savunmak ve kontrol etmek için, Mali İmparatorluğu büyük çoğunluğunun piyadeler olduğu 100.000'e kadar asker barındıran tam zamanlı bir ordu edindi. Her kabilenin, hizmet etmek üzere kendi silahları olan belirli sayıda özgür adam göndermesi beklendi. Yalnızca 14. yüzyıldan itibaren, imparatorluk artan baskı altında kaldığında Mansa, savaşmaları için kölelere de bel bağladı. Mansa Musa'nın saltanatı altında (M.S. 1312-1337) Mali İmparatorluğu refah döneminin en üst noktasına ulaştı. Mekke'ye yaptığı ihtişamlı hacılığı ile tanınmış olan ve muhtemelen hâlâ en tanınan Mandinka hükümdarıdır: Beraberinde yaklaşık 14.000 kilogram altın taşıyan 500 köle ve 100 deve ile Musa gittiği her yerde dikkat çekmiştir. Dönüşünden sonra kral, ünlü Sankore ve Djinguereber cami olarak adlandırılan, Timbuktu'da iki medrese (üniversite) inşaatının emrini verdi. İki yüzyıl boyunca bunlar dünyanın dört bir yanından bilim insanlarını ve kitapları barındıran uluslararası eğitim merkezleri olarak kaldılar. Farklı Mandinka kabilelerinin başta kendi animist inançları olmuşsa da, Sahra'dan geçen ticarete Müslümanların dâhil olmasıyla, İslam yavaşça imparatorluğa yayıldı. 14. yüzyılda Mansalar İslam'a dönüş yaptı ama asla vatandaşlarını aynısını yapmaya zorlamadı. Sonuç olarak, Mali İmparatorluğu çoğunlukla yerel ayinler ve geleneklerle karışık birçok dine ev sahipliği yaptı. 14. yüzyılın sonlarında başlayarak Mandinkaların gücü azalmaya başladı. Devlet dışarıdan işgal ve ayaklanmalarla tehdit edilirken içeriden de yönetim sahipleri entrika ve zayıf hükümdarlıkları yüzünden rahat yüzü görmedi. En önemlisi de, Berberi işgalleri ve Songhay İmparatorluğu'nun (M.S. 1464-1591) yükselişi, Timbuktu dâhil olmak üzere kuzey ve doğu bölgelerinin ve Sahra civarı ticaret kontrolünün kaybıyla sonuçlandı. Buna karşılık Mali İmparatorluğu dikkatini Portekizli keşifçilerin 1455'te varmış olduğu güneybatı eyaletlerine çevirdi. Ancak işin gidişatı değişmedi ve 1600'e kadar Mali İmparatorluğu yavaş yavaş parçalanarak çeşitli klanlara bölündü.