Tổ chức Phiên chế quân đội thời phong kiến khá đơn giản nếu so với các đại quân đoàn quốc gia ở thời hiện đại. Không có trung đoàn, quân đoàn hay sư đoàn nào tồn tại cho đến tận cuối thời đại này. Khi đại quân phong kiến được triệu tập, từng chư hầu sẽ dẫn theo toàn bộ hiệp sĩ, cung thủ và bộ binh cần có tới điểm tập kết. Tại đó, các cánh quân sẽ được tập hợp lại theo vai trò. Hiệp sĩ và đội hộ vệ của họ sẽ đi cùng nhau, còn cung thủ thì gắn liền với bộ binh. Các đơn vị đặc biệt, như đội công binh và đội vận hành pháo công thành, thường là những nhóm lành nghề được thuê cho chiến dịch đó. Chẳng hạn, các lính đánh thuê Cơ Đốc giáo vận hành pháo là được quân Đột Quyết trả tiền để công phá Constantinople. Lính đánh thuê là một nghề nghiệp được tôn trọng ở cuối thời Trung Cổ. Các đầu lĩnh chiến binh lập thành những nghiệp đoàn lính đánh thuê, chuyên cung cấp một lực lượng đánh thuê đủ năng lực cho một thành phố hay lãnh chúa giàu có chịu chi. Các nghiệp đoàn lính đánh thuê tồn tại được đều là nhờ có một kỹ năng chuyên biệt. Lấy ví dụ, 2000 nỏ binh Genova đã phục vụ cho quân đội Pháp trong Trận Crécy năm 1346. Có những nghiệp đoàn lính đánh thuê khác được hình thành từ các lực lượng hỗn hợp. Những nghiệp đoàn này thường được mô tả theo số lượng trường thương (lance) mà họ sở hữu. Mỗi cây trường thương biểu thị cho một quân binh cưỡi thú cùng với các đơn vị cưỡi thú, bộ binh và bắn tên. Một nghiệp đoàn có 100 trường thương sẽ đại diện cho vài trăm lính. Hệ thống này chính là nguồn gốc xuất xứ của từ "freelance" (làm tự do). Hệ thống phân cấp chỉ huy trong quân đội phong kiến không phức tạp. Do không cần điều động quá nhiều, nên hệ thống sĩ quan hỗ trợ tướng lĩnh và truyền lệnh cũng không lớn. Năm 1439, vua Charles VII của Pháp lập ra các Nghiệp đoàn quân nhu hoàng gia. Các nghiệp đoàn này có hiệp sĩ hoặc bộ binh và được trả lương từ nguồn thu nhập thuế. Mỗi nghiệp đoàn có quân số cố định, giáp và vũ khí của họ được đức vua chọn lựa thay vì để tùy ý từng cá nhân. Đây là tiền thân của các đội quân thường trực hiện đại ở phương Tây. Vật tư Nguồn tiếp tế vật tư y tế và lương thực khá thiếu thốn. Các đội quân Trung Cổ duy trì được là nhờ vào điền sản, gây tổn hại cho những người sinh sống ở khu vực bị họ chiếm đóng hoặc đi qua. Vùng đất có quân đồng minh đi qua cũng rơi vào tình cảnh không khác gì bị quân địch tàn phá. Các đội quân Trung Cổ không bám trụ được lâu dài ở một khu vực là bởi nguồn lương thực và thức ăn cho gia súc ở đó sẽ nhanh chóng cạn kiệt. Đây là một vấn đề nan giải trong các cuộc công thành. Nếu đội quân công thành không bố trí được đường tiếp tế lương thực và vật tư, họ có thể sẽ phải từ bỏ việc công thành để tránh bị chết đói trước khi quân phòng thủ chấp nhận đầu hàng. Vệ sinh cũng là một vấn đề khác khi một đội quân dừng chân ở một nơi nào đó. Đội quân Trung Cổ mang theo rất nhiều gia súc, ngoài ra còn có ngựa của các hiệp sĩ, nên vấn đề chất thải sẽ dẫn đến bùng phát bệnh lỵ. Các đội quân phong kiến thường tan rã vì bệnh dịch và nạn đào ngũ. Khi vua Henry V của Anh thực hiện chiến dịch trên đất Pháp, quân đội của ông đã mất khoảng 15% vì bệnh dịch trong cuộc vây hãm Harfleur và nhiều hơn thế nữa trong cuộc hành quân đến Agincourt. Còn trong trận chiến đó, ông chỉ bị tổn hại 5% quân số. Henry V cũng chết vì một căn bệnh liên quan đến tình trạng vệ sinh kém trong một cuộc vây hãm khác. Triển khai trận chiến Hầu hết các trận chiến diễn ra trong bối cảnh hai bên bố trí đội hình hoàn tất rồi mới bắt đầu chiến đấu. Các chiến dịch theo kiểu lâm trận ứng biến hiếm khi xuất hiện. Trước khi chiến đấu, chỉ huy của hai bên phân bố lực lượng của mình thành những cánh quân thực hiện từng nhiệm vụ cụ thể. Bước đầu tiên là phân chia bộ binh, cung thủ và kỵ binh. Các đạo quân này có thể được chia thành những nhóm nhỏ hơn nữa để nhận những sứ mệnh riêng rẽ hoặc lùi lại làm quân dự bị. Chẳng hạn, một chỉ huy có thể bố trí vài "trận chiến" hoặc một số "quân đoàn" hiệp sĩ. Các nhóm này có thể được triển khai riêng tùy theo ý đồ hoặc được giữ lại. Cung thủ có thể được bố trí ở đầu đội quân, cùng với sự yểm trợ của các toán bộ binh. Sau khi quân đội đã dàn trận xong, các quyết định lớn cuối cùng chỉ là khi nào tung ra những quân bài đã xếp sẵn. Khi trận chiến đã bắt đầu, hai bên sẽ không có cơ hội rút lui, tái tổ chức hay sắp xếp lại nữa. Một đạo hiệp sĩ, chẳng hạn, hiếm khi có thể sử dụng quá một lần. Sau khi hành động, họ thường sẽ được chi viện hoặc rút lui. Một đội kỵ binh hạng nặng toàn lực xông lên có thể gây ra sự đứt gãy như vậy, làm hỏng trang bị và gây tổn thất về chiến mã cần có cho lực lượng. Các hiệp sĩ Norman ở Hastings được tái tổ chức để tiếp tục tấn công, nhưng họ không triển khai một đợt công kích toàn lực vì không thể xuyên phá tường thành của quân Saxon. Những vị chỉ huy nổi trội biết tận dụng địa hình và tiến hành thăm dò để đánh giá điểm mạnh, điểm yếu của kẻ địch. Tiền chuộc Phần thưởng tối cao sau mỗi trận chiến thành công là vinh quang và thái ấp. Phần thưởng cận thân nhất là những chiến lợi phẩm lột được từ các thi thể, cướp đoạt được từ các thị trấn và lâu đài bị chiếm đóng, tiền bán giáp và vũ khí của các binh sĩ tử trận và tiền chuộc cho những tù binh cấp cao. Các hiệp sĩ muốn giữ được mạng thì phải trả tiền chuộc. Một trong những khoản tiền chuộc lớn nhất được ghi lại là hơn 20 triệu đô-la được trả cho một vương công người Đức để phóng thích vua Richard I của Anh, người bị bắt giữ trong hành trình trở về quê hương sau cuộc Thập tự chinh. Ở Agincourt, quân Anh giam giữ một lượng lớn hiệp sĩ Pháp ở hậu quân để đòi tiền chuộc. Trong trận chiến, một cánh quân Pháp đã đột kích hậu quân Anh và khiến vua Henry V hoảng loạn đôi chút. Ông ta đành ra lệnh xử tử những hiệp sĩ Pháp bị bắt giữ để tránh tình huống bọn họ được giải cứu, nên đã mất một khoản tiền chuộc kha khá. Việc bắt giữ hiệp sĩ được một tín sứ ghi chép lại nhằm xác định những binh sĩ nào lập công và được thưởng khoản tiền chuộc. Sau đó, tín sứ sẽ thông báo cho gia đình của tù binh, thu xếp việc chi trả khoản tiền chuộc và phóng thích tù nhân. Việc trả tiền chuộc được coi là khá văn minh, nhưng nó cũng che đi một góc khuất đen tối trong lịch sử. Những tù binh cấp thấp, không có giá trị có thể bị thẳng tay sát hại để bớt việc phải cho ăn và cử người canh gác.