Mã Lai Quần đảo Mã Lai là quần đảo lớn nhất thế giới, bao gồm hơn 25000 đảo ngày nay trở thành các nước Indonesia, Philipin, Brunei, Đông Timor, Malaysia và Singapore. Để di chuyển và xâm chiếm chừng ấy đảo, người dân đã xây dựng một hệ thống hàng hải tinh tế và kỹ năng đóng thuyền từ 50000 năm trước Công nguyên. Trong thiên niên kỷ đầu tiên của Công nguyên, nhiều thị trấn cảng dần phát triển thành các vương quốc nhỏ nhờ vị thế giao thương đầy lợi nhuận giữa Ấn Độ và Trung Hoa. Thông qua sự tương tác với Ấn Độ, những tiểu quốc ban đầu này hấp thu được nhiều yếu tố của đạo Hindu và đạo Phật. Trong thời kỳ trung đại, một số thành phố cảng đánh chiếm được thêm nhiều phần của quần đảo này. Có ba đế quốc hàng hải, còn gọi là đế chế trên biển, đạt được tầm ảnh hưởng cực lớn: Một trong những nước đầu tiên thống trị quần đảo là Srivijaya (671 – 1377) ở Nam Sumatra. Để bảo đảm an toàn cho việc giao thương với Trung Hoa, các đại vương của Srivijaya đã chinh phạt vài vương quốc ở Sumatra, bán đảo Malaysia và Java. Các cuộc thám hiểm hàng hải còn mở ra đến tận sông Mekong ở vùng lục địa Đông Nam Á, nhưng Đế quốc Khmer hùng mạnh xuất hiện đã khiến họ không thể thiết lập sự hiện diện lâu dài tại đó. Là trung tâm học vấn và Phật giáo quốc tế, thủ đô Palembang thu hút rất nhiều tín đồ hành hương và học giả từ khắp châu Á. Mặc dù bản thân các đại vương không dựng lên nhiều đền đài, nhưng chư hầu của họ ở Java đã xây dựng một số công trình Phật giáo lớn nhất thế giới, như Borobudur và Sewu. Dù đạt được nhiều thành tựu về văn hóa và kinh tế, nhưng đế quốc Srivijaya dần suy tàn do áp lực từ các cuộc cướp bóc của người Ấn Độ và cuộc chinh phạt của người Java bắt đầu từ thế kỷ XI. Sau Srivijaya, có vài vương quốc của người Java nổi lên nắm quyền. Một trong số đó, Đế quốc Majapahit (1293 – 1527), cuối cùng cũng trở thành một trong những nước hùng mạnh nhất Đông Nam Á. Năm 1293, Raden Wijaya lập ra đế quốc này bằng cách liên minh với quân Mông Cổ xâm lược để loại bỏ kình địch, rồi lại tiêu diệt quân đồng minh bằng một cuộc tập kích. Cùng với sự chỉ huy quân sự của tể tướng hai triều Gajah Mada (1313 – 1364), lãnh thổ của Majapahit được mở rộng đến mức lớn nhất: từ bán đảo Malaysia ở phía tây đến New Guinea ở phía đông. Trong thời kỳ hoàng kim này, nghệ thuật, văn học và kiến trúc đều phát triển rực rỡ. Nghệ thuật múa rối và dàn nhạc cũng được phát triển. Một nền văn hóa thực sự của người Java hình thành từ sự tổng hòa giữa tín ngưỡng thờ cúng Shiva và Kim cương thừa. Đến thế kỷ XV, một cuộc tranh chấp nội bộ và sự trỗi dậy của thế lực giao thương mới tên Malacca đã khiến Majapahit suy thoái. Năm 1398, Majapahit xâm lược Singapura, một vương quốc nhỏ trên bán đảo Malaysia. Vua Parameswara ở nơi đó đành bỏ trốn khỏi đất nước và lập ra thành phố Malacca. Nhờ giao hảo với triều Minh của Trung Hoa, thành phố này thu hút nhiều thương nhân và dần trở thành một bến cảng quan trọng trên tuyến giao thương Đông Dương. Cuối đời, Vua Paramesware cải sang đạo Hồi, từ dó lập ra vương quốc Hồi giáo Malacca (1414 – 1511). Mặc dù Đông Nam Á đã tiếp xúc với đạo Hồi từ rất sớm qua các lái buôn, nhưng cộng đồng Hồi giáo ở đây vẫn còn rất hạn chế. Thông qua sự bành trướng lãnh thổ, vương quốc Hồi giáo Malacca trở thành một trung tâm quan trọng truyền bá đạo Hồi. Do đó, nền văn hóa Mã Lai ban đầu chịu ảnh hưởng của đạo Hindu và đạo Phật đã trải qua một sự thay đổi to lớn với đức tin mới theo đạo Hồi. Các nhà thám hiểm châu Âu bị hấp dẫn bởi mối làm ăn phong phú của quần đảo này, nên họ đã đặt chân tới Đông Nam Á từ cuối thời Trung Cổ. Năm 1511, một đạo quân Bồ Đào Nha do Afonso de Albuquerque chỉ huy đã đánh chiếm cảng Malacca, đánh dấu hồi kết của vương quốc Hồi giáo này. Trong vài thế kỷ tiếp sau đó, các nước châu Âu thống trị hoạt động giao thương ở quần đảo này.